過去赴離島檢疫相關證明文件不全之犬貓，確曾嚴格禁止登機，到站後經查驗文件不全者，即要求退運等等作為，現經考量檢疫風險後，目前便民作法為允許犬貓於抵達離島(例：澎湖)後，經檢查無傳染病之虞者，於現場或請畜主攜帶至指定醫療院所補行狂犬病預防注射後放行，同時將通報犬貓所在地防疫機關進行追蹤。惟為免日後因犬貓未依規定施打預防注射遭罰且避免耽誤旅客行程破壞旅遊興致，仍請各航空公司協助向民眾宣導說明，依規定完成注射且備妥相關文件再前往。